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    5hmC或(huò)成为2型糖尿(niào)病血管并发症临床监控(kòng)的重要标志物(wù)

    source:TIME:2019-10-01 08:00:00分享到(dào):

    2019年10月1日,5-羟甲(jiǎ)基化胞嘧啶(dìng)(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖尿病(bìng)研究领域取得重要进展。2型(xíng)糖尿病(T2D)的血管并发症是导(dǎo)致2型(xíng)糖(táng)尿病致残致死(sǐ)的重要病因,一直缺乏一(yī)种无创便捷(jié)的(de)临(lín)床途(tú)径(jìng)实现(xiàn)血管并发(fā)症的发生发展监(jiān)测,达到早发现(xiàn)、早干预,以提高T2D病人(rén)的(de)整(zhěng)体(tǐ)生活质量(liàng),减少卫生经济(jì)负担。


    该(gāi)研究入组了62例2型糖尿病病人,采用(yòng)5hmC-Seal技术(shù)对血浆cfDNA中表(biǎo)观遗传标(biāo)志物5hmC的分布情况进(jìn)行(háng)检测,分析5hmC标志物与(yǔ)2型糖尿病血管(guǎn)并发症发(fā)生(shēng)发展的相关性。结果表明5hmC标志物的(de)变化与T2D合并(bìng)大血(xuè)管(guǎn)/微血(xuè)管事件(jiàn)具有相关性,主要涉及一些与血管生物(wù)学和糖尿病(包括胰岛(dǎo)素耐受和炎症反应)相关的(de)基因(yīn)和信号通路(lù)。该研究建立的16个(gè)基因-5hmC标志物组合检测可以准确区分有(yǒu)并发症和无并发症(zhèng)的2型糖尿病(bìng)病人[实验组(zǔ):AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显(xiǎn)优于传统临床变量(liàng)例(lì)如(rú)白蛋白尿。除此之外,还建立了13个基因-5hmC标(biāo)志物组合检测,可以进一步(bù)区分T2D合并单一(yī)并发症和多种并发(fā)症[实验组(zǔ):AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明显优(yōu)于(yú)其他传统临床变量(liàng)。该研究得(dé)出结论,5hmC标志物反映了T2D病人大血管/微(wēi)血(xuè)管并发症发生过程(chéng)中(zhōng)的表观遗传(chuán)变化(huà),因而5hmC-Seal检测技术(shù)在(zài)监(jiān)测糖尿病血管(guǎn)并发(fā)症发生和进展方面具有良好(hǎo)的(de)临床应用前景。


    试验(yàn)设计(jì)



    本研究共纳入62例2型糖尿(niào)病病人,包括没(méi)有血管并发(fā)症的病(bìng)人(rén)12例,有(yǒu)单一血管并发症的(de)病人34例(24例发生大血(xuè)管事件(jiàn),10例发(fā)生微血管事件),以及有多种(zhǒng)血管并发(fā)症的(de)病人16例。试(shì)验收集62例病人血浆,提(tí)取cfDNA,利用(yòng)5hmC-Seal技术捕获外周血cfDNA中的5hmC序列,进行二(èr)代测序,通过生物信息学分析找(zhǎo)出并发症组(zǔ)与无(wú)并发症组之间有显(xiǎn)著5hmC修饰(shì)差异(yì)的(de)基(jī)因(yīn),单一并发症(zhèng)组(zǔ)和多种并发症组之间有显(xiǎn)著5hmC修饰差异的基因。随(suí)后利用回归模型对差异基因进一步筛(shāi)选、优化,弹性网络进(jìn)一步筛选,计算(suàn)加权平均(jun1)分,最后得到(dào)一组具有高(gāo)度灵敏度和(hé)特异性的(de)5hmC生物(wù)标(biāo)记物,并进一(yī)步在实(shí)验组中(zhōng)验证,分析其灵(líng)敏度(dù)和特异(yì)性。并将新(xīn)建立的(de)5hmC标(biāo)志(zhì)物基因组合的检测性能与传统临床变(biàn)量进行对(duì)比分析。最后对相关基因进(jìn)行了信号通路分析和功能探究(jiū)。



    研究结果


    5hmC修饰水平与血管(guǎn)并发症具有相关性


    利用(yòng)逻辑回归模型对62例有并发症和无并发症2型糖尿病病人(rén)的5hmC差异水平进行分析发现(xiàn),有(yǒu)并发症2型糖尿病病(bìng)人的622个差(chà)异修饰候选基因(包(bāo)括上调和(hé)下(xià)调(diào)基(jī)因)的归一化平均数(shù)要明(míng)显高(gāo)于无并发症的病人(P<0.001),但是(shì)单一并发症(zhèng)和多发并发症病人之间(jiān)没有显著差异。

    之后将有(yǒu)单(dān)一并发症或多种并发症的50例病人用逻辑回归模型进行了对比(bǐ),发现多种(zhǒng)并发症(zhèng)的(de)病人的(de)153个差异修饰候(hòu)选基因(包(bāo)括上调和下(xià)调基因)的归一化平均数要低于无并发症病人(rén)(P<0.001)。


    5hmC标志物可区分有无(wú)并发症患者(zhě)


    62例2型糖尿病病人被随机分成(chéng)训(xùn)练组(n=31)和(hé)测(cè)试组(n=31)。利用弹(dàn)性网络筛选(xuǎn)后发现,16基因-5hmC标志物组合检测(cè)可(kě)以用于区分有并发症和无并(bìng)发症的2型糖尿病病人。


    基(jī)于16基因组合模型 (Detection Model 1) 的(de)加(jiā)权平均分分析,发现无并发症病人的分数(shù)在训练集和测试集中都明显低于有并发症的病人(rén)。只考虑加权平均(jun1)分的话,受试者工作特征曲线(xiàn)(ROC)分析表明将cutoff值(zhí)设(shè)置成0.5时,在测试组中(zhōng)中的灵敏度为60%,特异(yì)性(xìng)为100%。



    5hmC标志(zhì)物可区分病人是单一并(bìng)发症(zhèng)还是多种并发症


    50例有并(bìng)发症的2型糖(táng)尿病病人被随机分成训练组(n=25)和测(cè)试组(n=25)。利用弹性(xìng)网络筛(shāi)选(xuǎn)后发现,13基因-5hmC标(biāo)志物组(zǔ)合可以区(qū)分2型糖(táng)尿病病人是(shì)否(fǒu)发生单(dān)一并发症或多种(zhǒng)并(bìng)发(fā)症。


    基于13基因组合模型 (Detection Model 2), 我们计算了单一并发症和多(duō)种并(bìng)发症的加权平(píng)均(jun1)分(fèn),发现在训练集和(hé)测(cè)试(shì)集(jí)中单一(yī)并(bìng)发症和多种并发(fā)症(zhèng)病人的分数都有明显差异。值得一提的是,有肾病并发症和无肾病并发(fā)症(zhèng)病人的分数也有明(míng)显差异。利用加权(quán)平均分(fèn)作(zuò)为判断标准的受试者工作特征曲(qǔ)线(ROC)表明,在测试组中(zhōng)当将cutoff值设成0.69时,灵敏度(dù)为87.5%,特异(yì)性为68.8%。



    5hmC标(biāo)志物与传统临(lín)床变(biàn)量/危险因子的对比


    我(wǒ)们(men)评估了不同临床变量/危险(xiǎn)因(yīn)子(zǐ)用(yòng)于监测血管并(bìng)发症的灵敏(mǐn)度和特异性(见表1)。

    总体(tǐ)来说,结果表明一些临床变(biàn)量(如尿液白蛋白、血清ALT、AST、肌酐、GGT、脂(zhī)蛋白a)虽然具有一定的(de)灵(líng)敏度和特异性,但是整体准确度(dù)仍(réng)然差强(qiáng)人意,因此临床需要(yào)更加准(zhǔn)确(què)的方法。另外(wài),我们还在训练组中建(jiàn)立(lì)5hmC和(hé)不同临床(chuáng)变量的多变量组(zǔ)合(hé)模(mó)型(xíng)进行评估,该(gāi)模(mó)型加权平均分的AUC要明(míng)显大于传统临床变量的AUC。若将这些临床变量与加权平均分(fèn)进行结合(hé),AUC也(yě)将进一步提高。因此,该多变(biàn)量模型表明加(jiā)权平均(jun1)分可作为一个独立的指标用于监(jiān)测2型糖尿(niào)病血管并(bìng)发症。

    信号(hào)通路分析和功能探究


    有并(bìng)发(fā)症(zhèng)和无(wú)并(bìng)发症病人的135个差异候选基(jī)因的功能注释分析表明,这些基因(yīn)主要富集在一些经典的信号通路。错误发现率(lǜ)相关P值位于前10%和基因数目≥3的信(xìn)号通路(lù)包括由IGF1R, IL-10和FGFR2所介导的信(xìn)号通路。由IGF1R和IL-10介导(dǎo)的信号通路(lù)与胰岛(dǎo)素(sù)抵抗及炎症反(fǎn)应(yīng)相关,在血管(guǎn)生物(wù)学和糖尿(niào)病(bìng)发生发展过程中发挥重(chóng)要作用。

    Reactome相互作用网络的(de)中心(xīn)表明(míng),泛素编码(mǎ)基因[泛素B (UBB),泛素C (UBC),泛素(sù)A-52亚基(jī)核糖(táng)体(tǐ)蛋白融(róng)合产物(wù)1(UBA52)]是候选基因(如SMAD3FOXD2DRAP1MCIDASMLNPIANPTBCC)的重(chóng)要连接者。在(zài)这135个差(chà)异候选基因中, 一些基因 (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLNP=0.0021, HR=20.40; CCL3L1P=0.018, HR=0.44)表现出(chū)与糖尿病病(bìng)程相关(guān)的倾向,表明(míng)5hmC和糖尿病血管并发症之间可(kě)能存在时间依赖性的相互作用。基于纵向时(shí)间队列(liè)的大样本研(yán)究,将可进一步明确5hmC变化和糖尿(niào)病持(chí)续时间之(zhī)间的动态(tài)关联。关(guān)于单(dān)一并发症和多种并发症病人(rén)的159个候选(xuǎn)标志基因的功能注释研究发现,存在细胞(bāo)-细胞连(lián)接、胶原(yuán)蛋白形(xíng)成(chéng)、新陈代谢、细胞应激(jī)应答信号通路的富集(jí),这些信号通路(lù)均(jun1)与细胞(bāo)基本功能(néng)密切相关。


    研究意义



    血管并发症是三(sān)分之二糖尿(niào)病病人的死亡原因,若能及早有(yǒu)效控(kòng)制(zhì)血管并(bìng)发症的(de)发生,将极(jí)大地改善糖尿病病人的生存质量。该研(yán)究建(jiàn)立了一种利用cfDNA进行2型糖尿(niào)病(bìng)血管并(bìng)发症(zhèng)监(jiān)测的无创便捷方法,较目前临(lín)床标志物(wù)能更准确地监控血(xuè)管并发症的发生,从而提示(shì)临(lín)床及早(zǎo)采取应对措施,有(yǒu)效(xiào)控制病情进展。



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