2019年10月1日(rì),5-羟(qiǎng)甲基化(huà)胞(bāo)嘧(mì)啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖(táng)尿病研究(jiū)领(lǐng)域取得重要进展。2型糖尿(niào)病(T2D)的血管并发症是导致2型糖尿病致残致死的重要(yào)病(bìng)因,一直缺乏一(yī)种无创便捷的临(lín)床途径实现(xiàn)血管并发(fā)症(zhèng)的发生发展监测,达到早发现、早干预,以提高T2D病人(rén)的整体生活质量,减少卫生经济负担(dān)。
该研究入组了62例2型糖尿病病人,采用(yòng)5hmC-Seal技术对血浆cfDNA中表观遗(yí)传标志物(wù)5hmC的分布情况(kuàng)进行检测(cè),分析5hmC标志物与2型糖尿病血管并(bìng)发症发生发展的相关性。结果(guǒ)表明(míng)5hmC标(biāo)志物的变(biàn)化与T2D合并大血管/微血管事件具有相关性,主要(yào)涉及一(yī)些与血(xuè)管生物学和(hé)糖尿病(bìng)(包括胰(yí)岛素耐受和炎(yán)症反应)相关的基因和信号通路。该研究建立的16个基因-5hmC标志物组合检测可以准(zhǔn)确区分有并(bìng)发症和无并发症的(de)2型糖尿病病人(rén)[实验组(zǔ):AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优于传统临床变(biàn)量例如白蛋白尿。除此之外,还建(jiàn)立了13个基因-5hmC标志物组合检测,可以进一(yī)步区分T2D合(hé)并单一(yī)并发症和多种并发(fā)症[实验组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明(míng)显优于其他传统临床变量。该研究得出结论,5hmC标志物反(fǎn)映了T2D病人大血管/微(wēi)血管并发症发生过程中的表观遗传变化,因而(ér)5hmC-Seal检测技术在监(jiān)测糖尿病血管并发症(zhèng)发生(shēng)和进(jìn)展(zhǎn)方面具有良好的临(lín)床应用前景(jǐng)。
试验设计
本研究共纳(nà)入62例2型糖尿病(bìng)病(bìng)人,包括没有血(xuè)管并发症的病人12例(lì),有(yǒu)单一血管并发(fā)症(zhèng)的病(bìng)人(rén)34例(24例发生大血(xuè)管(guǎn)事件,10例发生(shēng)微血管事件(jiàn)),以及有多种血管(guǎn)并发症(zhèng)的(de)病人(rén)16例。试验收集62例病(bìng)人(rén)血浆,提取cfDNA,利用5hmC-Seal技术捕获外周血cfDNA中的5hmC序列,进行(háng)二代测序,通过生物信(xìn)息学分析找出(chū)并(bìng)发症组与(yǔ)无并发症(zhèng)组之间有(yǒu)显著(zhe)5hmC修饰差异的基因(yīn),单一并发症组和多种(zhǒng)并发症组之间有(yǒu)显著5hmC修饰(shì)差异(yì)的(de)基因。随后利用(yòng)回(huí)归模型对差异(yì)基因进一步筛选、优化,弹(dàn)性网络进一步筛选(xuǎn),计算加权平均分,最(zuì)后得到一(yī)组具有高度(dù)灵敏度和(hé)特异性的5hmC生(shēng)物标记物,并(bìng)进一步在实验组中(zhōng)验证,分(fèn)析其灵敏度和特异性。并将新建立的5hmC标志物基因组合的(de)检测性能与传(chuán)统(tǒng)临(lín)床变量进行对比分析。最后(hòu)对相关(guān)基(jī)因进行了(le)信号通路分析和(hé)功能(néng)探(tàn)究。
5hmC修饰水(shuǐ)平与血管并发(fā)症(zhèng)具有(yǒu)相关(guān)性
利用(yòng)逻辑回归模型对62例有(yǒu)并发症和无并发症2型糖尿病病人的5hmC差异水平进行分析发现,有并发(fā)症2型糖尿病病人(rén)的622个差异修饰候选基因(包(bāo)括上调和下调基因)的归一化平均数要明(míng)显高于(yú)无并发症的病人(P<0.001),但是单(dān)一(yī)并(bìng)发(fā)症(zhèng)和多发并发症(zhèng)病人之间没有(yǒu)显(xiǎn)著差异(yì)。
之后将有单(dān)一并发症或多种并发症(zhèng)的(de)50例(lì)病人用(yòng)逻辑(jí)回归模型进(jìn)行了对比,发(fā)现多种并发症的病人的(de)153个差异修饰候选基因(yīn)(包括上调和下调基因)的(de)归一化平均数要低于无并发(fā)症病(bìng)人(P<0.001)。
5hmC标志物可区分有(yǒu)无并发症患(huàn)者
62例(lì)2型(xíng)糖尿病病人被随机分成训练组(n=31)和测试组(n=31)。利用弹性网(wǎng)络筛(shāi)选(xuǎn)后发现(xiàn),16基因-5hmC标(biāo)志(zhì)物组合(hé)检测(cè)可以用于(yú)区分有并发症和无并发症(zhèng)的2型糖尿病病人。
基于16基因组合模型 (Detection Model 1) 的加权平均分分(fèn)析,发现无并发症病人的分数在训练集和测试(shì)集中都明显低于有并发症的病人。只(zhī)考虑加(jiā)权平均分(fèn)的话,受试者工作特征曲线(ROC)分析表明将cutoff值设置成0.5时,在(zài)测试组中中的灵(líng)敏度为60%,特异性(xìng)为100%。 5hmC标志物可(kě)区分(fèn)病人是单一并发(fā)症还是多种并发症(zhèng) 50例有并发症(zhèng)的2型糖尿病病人被随机(jī)分成训(xùn)练组(n=25)和测试组(n=25)。利(lì)用弹性网(wǎng)络筛选后发现(xiàn),13基因-5hmC标志物组(zǔ)合可以区分(fèn)2型糖尿病病人是(shì)否发生单一并发症或多种并发症。 基于13基因组合模型 (Detection Model 2), 我们(men)计(jì)算了单一并发症(zhèng)和多种(zhǒng)并发症的(de)加权平均分,发现在训练集和测试集(jí)中单一并发症和(hé)多种并发症病人的分数都有明(míng)显差异。值(zhí)得一提的是(shì),有肾(shèn)病(bìng)并发(fā)症和无肾病并发(fā)症病(bìng)人的分数也有明显差异。利(lì)用(yòng)加权平(píng)均分作(zuò)为判断(duàn)标(biāo)准的受试(shì)者工作特征曲线(ROC)表(biǎo)明(míng),在测试组中当将cutoff值设成0.69时(shí),灵敏度为87.5%,特异性为68.8%。 5hmC标志物与传统临床变量(liàng)/危险因子的对(duì)比(bǐ) 我们评估(gū)了不同临(lín)床变量/危险因子用于(yú)监测血管并发症(zhèng)的(de)灵敏(mǐn)度和特异性(见表1)。
总体来(lái)说,结果表明一些临床变量(如尿液白蛋(dàn)白、血清(qīng)ALT、AST、肌酐、GGT、脂蛋白a)虽然具有一定的(de)灵(líng)敏度(dù)和(hé)特异性,但(dàn)是(shì)整体准确度仍然差强(qiáng)人意,因此(cǐ)临床需(xū)要(yào)更加(jiā)准(zhǔn)确的方(fāng)法。另外,我们还在训练组(zǔ)中建立5hmC和不同临床变量的多变量组合(hé)模型进行评估,该模型(xíng)加权平(píng)均分的AUC要(yào)明显(xiǎn)大于传统临床变量的AUC。若(ruò)将这些临床(chuáng)变(biàn)量与(yǔ)加权平均分进行结合,AUC也将进一步提高。因此,该多变量模型表明加(jiā)权平(píng)均分可作(zuò)为(wéi)一个独立的指标(biāo)用于监测2型(xíng)糖尿病血(xuè)管并发(fā)症。
信号通(tōng)路分析(xī)和功能探究 有并发症和无并发症(zhèng)病人的135个(gè)差异候选(xuǎn)基因(yīn)的功(gōng)能注释分析表明,这些基因主要富集在一(yī)些经典的信(xìn)号通(tōng)路。错误发(fā)现率相关P值位于前10%和基因数目≥3的信(xìn)号通路包括由(yóu)IGF1R, IL-10和FGFR2所介导(dǎo)的信号通路。由IGF1R和IL-10介导的(de)信号通路与胰岛素抵抗及(jí)炎症(zhèng)反应相关(guān),在血管生物学和糖尿病发生发展过程中发挥重(chóng)要作用(yòng)。 Reactome相互作用网络(luò)的中心表(biǎo)明,泛素编码基因[泛素B (UBB),泛(fàn)素C (UBC),泛素A-52亚基核糖体(tǐ)蛋白融合产物1(UBA52)]是候选基因(yīn)(如SMAD3, FOXD2, DRAP1, MCIDAS, MLN, PIANP和TBCC)的重(chóng)要连接者。在(zài)这(zhè)135个(gè)差异候选基因中, 一些基因 (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLN, P=0.0021, HR=20.40; CCL3L1, P=0.018, HR=0.44)表现出与糖尿病病程相关的倾向,表明(míng)5hmC和糖尿病血(xuè)管并发症(zhèng)之间可能(néng)存在时间依(yī)赖(lài)性的相互作用。基(jī)于纵向时间队(duì)列的大样本研究,将可(kě)进一(yī)步明确5hmC变化和糖尿病持续时间之间的(de)动态关联。关(guān)于单一并发症和(hé)多种并发症(zhèng)病(bìng)人的159个候选标志基因的(de)功能注(zhù)释研究发现,存在(zài)细胞-细胞连接、胶原蛋白形成、新陈代谢、细(xì)胞(bāo)应(yīng)激应(yīng)答信号通路的富集,这些信号通路均与细(xì)胞(bāo)基本功能(néng)密切相关。 研(yán)究意义(yì) 血管并发症是三分之(zhī)二糖(táng)尿病病人的死亡原因(yīn),若能及早有(yǒu)效控制(zhì)血管并发症的发生,将(jiāng)极大地改善糖尿病病人的生存质(zhì)量。该研究(jiū)建立了一种利用cfDNA进行2型糖尿病(bìng)血管并(bìng)发症监测的(de)无创便捷方(fāng)法,较目前临床标志物(wù)能更准(zhǔn)确地监控(kòng)血管并发(fā)症(zhèng)的发生,从而提示临(lín)床及早采取应对措施(shī),有效控(kòng)制病情进(jìn)展(zhǎn)。
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